注册 登录  
 加关注
   显示下一条  |  关闭
温馨提示!由于新浪微博认证机制调整,您的新浪微博帐号绑定已过期,请重新绑定!立即重新绑定新浪微博》  |  关闭

亿能部落格---观察思维比思维本身更重要

我是回来地球补课的!

 
 
 

日志

 
 
关于我

光行者的存在不在于他们真的能唤醒人类或者改变人类,而在于人类世界走向几近崩溃的时候能够站出来建立一套持久永恒的生活模式。

网易考拉推荐

分子动力学的理论书  

2013-04-05 18:23:57|  分类: 形态场动力学 |  标签: |举报 |字号 订阅

  下载LOFTER 我的照片书  |
原文地址:分子动力学的理论书作者:一度
最近大致看了一些关于分子动力学的理论书籍,感触很多。现在与大家分享一下!
因为分子动力学涉及很多领域:理学,医药,机械,材料等等,所以在选择书本的时候,很有必要对书籍做一个选择。
我是学机械专业的,所以,下面对分子动力学的理论书籍的选择谈一下自己的看法,主要是对我的研究方向相关的!

 

一、适合学写程序的书籍

1.Computer simulation(模拟) of liquids(液态)

这本书包含此书主要面向的方向(MDMCQM等) 这个就不多说了
MD入门很有帮助。顺便提醒下,这本书上有很多Fortran程序FORTRAN是英文“FORmula
TRANslator”
的缩写,译为公式翻译器”,现在也发展为可以再linux下编译的一种语言
)要看懂,当然,要结合《Fortran 95 程序设计》一起看才会看懂
书中的"物理图像"多, 这本书上的一些有关MD的一些基本原理和基本概念讲得比较好,是非常经典的书,
学写程序的必读之书

2.The Art of Molecular Dynamics Simulation
    (cambridge university press)
   每一章都介绍了分子动力学的某一方面的问题,关键给出了详细的代码,我觉得对自编程序的特别有用,既能比较容易地理解理论,又能写出较成熟的代码。内容
很全面,包括Rigid molecules, Long-range interactions都有专门的章节介绍,最好的就是源代码非常多,而且详细,包括统计一些数据指标的源代码都有,这样你自己在编写程序统计结果的话可以有个参照,本书特别适合那些想自己写程序的同学入门选择。

我认为,没有编程基础的选择第二本比较好!

二、理论性强的书
1、《分子模拟的理论与实践》陈正隆

    该书介绍了各种力场、MM、MD、MC、BD、DPD等,主要都是一些基本原理及应用书中公式简单易懂。此书模拟原理包括力场演化及应用范围,分子动力学方法,分子动力学模拟,布朗模动力拟,耗散粒子动力模拟。图文并茂,实例生动。值得推荐学习
2
、《分子模拟——从算法到应用》,[荷] Frenkel & Smit 著,汪文川 等译

    主要介绍了分子模拟的算法及一些实例。首先介绍了基本原理,然后介绍不同系综中的Monte Carlo模拟以及不同系综中的分子动力学模拟,再介绍自由能计算,最后介绍了约束、簇移动、复杂流体等高等方法。中文版中有不少翻译或者排版的错误。

3.Physical chemistry Perter Atkins. Seventh edition. Oxford 2002.
    本书是关于一些基础知识,基本公式,很多不明白的定义和名词先到这本书里面找找

三、适合分子建模的书

1.Molecular modeling(分子模拟): principles and applications, Andrew R  leach  Second edition.

这本书是分子建模的经典教科书,必备

这本书刚买的,还没认真看过,大概翻了一下,从原理到应用都讲得很细。
中译名:分子模拟的原理和应用
世界图书出版
这是分子模拟的学习者的宝典,内容全面,理论深刻,总之,很适合作为教材,当作手册也不错。
2. Molecular modeling and simulation:An interdisciplinary guide. Tamar Schlick   Springer. 2002.

这本书有很多彩图,看起来比较清楚,而且介绍了很多生物大分子的基础知识,特别适合初学者

四、其它一些可以看的书(在不能解决问题时候)

1.《计算材料学基础》

此书主要面向的方向(MD,MC,QM等)
能带计算、MD、MC和有限元
基础性强,概念介绍清楚到位

非常容易入门,知识面广

2.《计算物理学》
讲的蒙特卡罗法,分子动力学等,

3.《材料的晶体结构原理》,以及,《国际空间群表》
前者用于基础学习,后者用于了解算法和文件格式定义。

PS.1一些人学习的心得:

 
一句话,入门不是说什么入门书,入门要结合多方面的东西,结合自己的现有的基础和能力,而不是论坛上说的入门书好,你就抱着死肯。。。。。估计你啃了半年,仍有可能是门外汉。即:
先熟悉软件的运算过程,再看manual,再做例子,系统看书少。除非你遇到很大的理论问题。特别对于机械专业的,咱们用到的东西不多,所以在看书时候,要挑重点章节去看,去深入的看。碰到一些概念不懂的,再去查阅即可。不然,浪费这个精力不合适!

  评论这张
 
阅读(448)| 评论(0)
推荐 转载

历史上的今天

评论

<#--最新日志,群博日志--> <#--推荐日志--> <#--引用记录--> <#--博主推荐--> <#--随机阅读--> <#--首页推荐--> <#--历史上的今天--> <#--被推荐日志--> <#--上一篇,下一篇--> <#-- 热度 --> <#-- 网易新闻广告 --> <#--右边模块结构--> <#--评论模块结构--> <#--引用模块结构--> <#--博主发起的投票-->
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

页脚

网易公司版权所有 ©1997-2017